Zapomnětlivost či paměťový zkrat jsou v roce 1691 příčinou požáru v jeho pracovně, kde nechal na stole hořet svíčku a odešel. S požárem přišel o rukopisné výsledky svých výzkumů a ocitl se v podobně špatném psychickém rozložení jako ve svém předškolním věku, kdy jeho matka Hannah se odstěhovala za svým druhým mužem na faru do North-Withamu. Toto trauma trvá minimálně dva roky. Newton začíná více pečovat o své zdraví, více chodí na procházky a dokonce navštěvuje vyšší společnost, např. hrabství svého bývalého žáka, kancléře soudního dvora Charlese Montagua. Ten Newtonovi navrhl, aby přijal místo inspektora v londýnské mincovně, jež naléhavě potřebovala nejen pevnou, ale i poctivou ruku moudrého správce a znalce metalurgie. Tímto činem může pomoci vlasti více, než výchovou univerzitní mládeže. Newton také viděl ubohost učitelského povolání a po krátkém zaváhání souhlasil. Tento čin vedl k radikální změně jeho života [1], [3].

V březnu roku 1696 začíná pracovat v londýnském Toweru jako vysoký státní úředník, skoro s pětinásobným platem o proti dřívějšku. Výše jeho platu dosahuje 1.000 až 1.500 liber sterlinků. Tím se mu hmotné poměry zlepšily natolik, že se vzdal funkce lucasovského profesora v Cambridge. Ze skromného vědce nedbalého zevnějšku se stává majitelem domu, v kterém se vede společenský život a je nutné dbát na to, co se vysloví, byť se jedná i o formální maličkost. Tento dům spravuje na výbornou neteř, dcera sestry Anny, Kateřina Bartonová (1679 – 1740) a zejména díky ní se v domě schází londýnská elita. Montague s Newtonem mají podobné politické přesvědčení, jsou royalisté, zákon je nad krále a králům je třeba se vzepřít, zejména když chtějí v zemi obnovit katolicismus. Montague naváže hlubší přátelství s Newtonem i díky Kateřině, do které se zamiluje a časem ji pojme za ženu [1], [3].

Ve své nové profesi si Newton vedl výborně, v mincovně ho dokonce v roce 1697 navštívil sám car Petr Veliký [23] (1672 – 1725). Studoval hutnické spisy, aby mohl vyrobit nejvhodnější slitinu na mince. Je známo, že četl „De re metallica libri XII”, v překladu „Dvanáct knih o hornictví a hutnictví”, od Georga Agricoly [18] (1494 – 1555) [18].

Protože necestoval, nechával si opatřovat zprávy o tom, jak se v Čechách dobývá stříbro a z řek těží zlatonosný písek. Brzy se jeho snaha zúročila. Nejenže byl Newton v roce 1699 jmenován zahraničním členem pařížské Akademie věd, ale hlavně byl jmenován velmistrem mincovny neboli mincmistrem (funkce na úrovni dnešního ministra financí). Došlo také tehdy k nápravě anglické mince a mnohý nepoctivec skončil ve vězení nebo na popravišti [1].

Tím, že opustil Lucasovu stolici, opustil i aktivní vědecký výzkum, ale vždy velice překvapil, s jakou rychlostí řešil matematické problémy. Jednou přes noc vyřešil problém, s kterým soupeřili přední evropští matematici, o brachistochroně, tedy nalezení tvaru křivky, po které těleso projde z výše položeného bodu do níže položeného za nejkratší dobu. Jinak většinou na přímou žádost o radu nebo o pomoc při řešení problémů Newton odkazoval na mladší a podřízené spolupracovníky. Raději jen přihlížel nad vydáním svých prací. Nepřímo povzbuzoval své stoupence k vystupování proti svým odpůrcům, v matematice proti již zesnulému Leibnizovi a jeho žákům, v oblasti fyziky proti Descartovy a Huygensonovi. Nebylo to od Newtona zrovna moc fér, např. Leibniz [30] měl námitky proti filozofii Newtonova přítele Johna Locka, dokonce měl v úmyslu vydat je knižně, ale když Locke zemřel, Leibniz je nepublikoval [1].

Dodejme k tomu jen text z časopisu Naturwissenschaft und Politik… vydaném v Mnichově v roce 1965, kde na straně 86 Joachim Fleckenstein píše:

„Newtonovy alchymistické rukopisy by naplnily asi 30-40% sebraných spisů. To je snad důvod, proč se Royal Society dodnes nerozhodla vydat “Collected Works of Sir Isaac Newton“. Až donedávna se věřilo, že Royal Society má zábrany vydat sebrané spisy z nacionálních prestižních důvodů. Newtonův charakter by z toho těžko vyšel bez poskvrny. Poznalo by se, že Newton hrál v prioritním sporu s Leibnizem potměšilou, zlomyslnou a smrtelně trapnou roli. Ale edice musí ukázat všechno. Tak by se musely publikovat i příkazy, které Newton dával svým spoluzakladatelům Royal Society, aby v pozadí jednali proti Leibnizovi” [30].

Nechme již tuto kauzu stranou a věnujme se raději Newtonovi. Ten také experimentoval v oblast elektřiny a magnetismu. Ve třetím vydání knihy Principia odvozuje svůj vztah pro interakci magnetických dipólů, která je nepřímo úměrná třetí mocnině jejich vzdáleností, což je přibližně správně. Dále nahlédl do akustiky, kde vytvořil vzorec pro chladnutí těles a vztah pro rychlost zvuku ve vzduchu. Navrhl základní řady teplotní stupnice. S tím souvisí traktát z roku 1701 „Scala graduum caloris = O škále teplot a chladu” [1].

V řadě věcí se Newton opíral o své matematické koncepce, o nevyslovený atomismus, mechanickou interpretaci fyzikálních jevů. Vesmír vnímal jako ohromný a dokonalý hodinový stroj, který kdysi Bůh stvořil, natáhl a od té doby se řídí zákony mechaniky [1].

Kolem roku 1700 načrtl a teoreticky popsal zrcadlový sextant. Výkres předal Halleyovi, ale ten ho založil do šuplíku. Po Newtonově smrti v roce 1731 na popud jednoho londýnského mechanika, který Royal Society předložil identický návrh, jej ze šuplíku vyndal. Dnes nese přístroj název Hadleyův sextant [1].

Od roku 1703 až do své smrti je prezidentem Royal Society. Post prezidenta ho motivuje, aby většinu svých prací posílal dál k tisku. Po smrti Roberta Hooka se na začátku 18. století opět vrací do oblasti optiky. V roce 1704 vydal knihu „Opticks”. Ostře napadl aristotelskou koncepci barev, které měly být tvořeny různými směsmi domnělého elementárního bílého světla a tmy. Přiklání se k atomistům a vytváří korpuskulární teorii světla, proudu jakýchsi elementárních světelných částic, které mají podle své barvy různý tvar a velikost. Byl sice odpůrcem vlnové teorie světla v podání Roberta Hooka  a Christiaana Huygense, ale připustil možnost existence nevažitelného éteru, v němž korpuskule mohou vyvolávat světelné vlny. Je v tom jakási předtucha vlnově – korpuskulárního dualismu. Údivem stoupenců i odpůrců bylo, že Newton vypočetl periodu těchto jevů, tj. vlnovou délku světla. V roce 1711 vychází tiskem spis „O analýze užívající rovnic s nekonečně mnoha členy”, jenž koloval po Evropě v opisech od roku 1669. Newton, ale i Leibniz patří mezi matematické krále. Jednou Leibniz na dotaz pruské královny, co si má opravdu myslet o Newtonových zásluhách v matematice odpověděl: „Sir Newton je autorem té lepší poloviny veškeré matematiky, která vznikla od počátku světa do dnešních dnů” [1].