Rok 1682 je pozoruhodný úkazem komety, která se k Zemi vrací jednou za 75 až 76 let a je dobře viditelná pouhým okem. Polohu této komety, která později ponese název Halleyova, vypočítal za pomoci svých gravitačních zákonů Newton a Halley v roce 1705 z těchto údajů určil její periodu. Právě na popud Halleye Newton intenzivně pracuje na svém největším díle z oblasti dynamiky hmotného bodu a těles, hydrodynamiky a gravitačních zákonů. Toto dílo vyjde v Londýně v roce 1687 jako třídílná kniha nesoucí název „Philosophiæ Naturalis Principia Mathematica”. Velkolepé dílo, které nemá ve světě obdoby. Tímto Newtonova sláva začne značně stoupat. Zároveň možná i celkovým vyčerpáním z práce nad daným dílem, jeho duševní síly ochabují, což se projevuje jeho podivínstvím. Příčinou mohou být i výpary rtuti, které snadno pronikají do nervové soustavy a poškozují ji. Rtuť [17], jak již dnes víme, je velice toxická a pro organismus nebezpečná. Je známo, že Isaac Newton s ní často prováděl pokusy. Ve světě se říká, že zešílel. Významným osobnostem, ale i svým přátelům rozesílal dopisy obsahující nesmysly a urážky. Vzápětí jejich obsah zase odvolával [1].

Newton se zabývá chemií a píše spis „O povaze kyselin”, hloubá v alchymistických předsudcích a pověrách, pokouší se vytavit kámen mudrců. Z mechaniky kapalin zjišťuje tvar povrchu rotujících kapalin. Vypočítal, že povrch rotující kapaliny musí mít tvar paraboloidu a rotací nádoby se rtutí získal parabolické zrcadlo, zobrazující bez otvorové vady. Podobně určuje tvar nebeských těles a Země, neboť tou dobou se vědci přou, zda Země je na pólech protažená jako citrón (většina Francouzů), nebo zploštělá jako pomeranč, jak tvrdil i Newton hlásící se ke straně pomerančové. Z výsledků rozsáhlých a drahých měření jak v polárních tak i rovníkových oblastech vyšlo najevo, že Země je opravdu zploštělá [1], [3].

Pečlivě studuje chronologii Bible a jeho práce bude vydána krátce po jeho smrti v roce 1728 pod názvem „Chronology of Ancient Kingdoms amended”. On sám je velice zbožný, ale kritický k anglikánské církvi, byť jeho rod patřil k předním zastáncům této církve. Uznává nad celým světem, tedy i nad sebou samým, nekonečného a jediného Boha. Krista považuje za dogma vnucené církví sv. Athanasie, neuznává tajemno a nepochopitelno. Nevěří v zázraky, ty považuje za nedůstojné moudrého Boha. Král měl přání, aby se na univerzitě v Cambridge otevřela katedra katolické teologie. Všichni profesoři s tím souhlasili, ale jediný Newton ne. Po jeho velice dlouhém a nekompromisním projevu byla veta s tímto úmyslem. Newton byl za tento čin svými kolegy zvolen do londýnského parlamentu, aby reprezentoval univerzitu v Cambridge [1], [3].

Nemocný a vyčerpaný Newton promluvil za dobu svého mandátu, který trval pouze rok, údajně jen jednou, prý když si přál kvůli průvanu zavřít okno [3]. Jeho přijetí do parlamentu bylo 15. ledna 1689 – téhož roku, kdy král Vilém III. Oranžský [23] (1650 – 1702) po slavné revoluci a vyhnání předchozího katolického krále a otce své ženy Jakuba II. Stuarta [23] (1633 – 1701) usedl na trůn. Newton byl pozván králem na večeři a královský dvorní malíř Godfrey Kneller (1646 – 1723) namaloval jeho mladistvý vzhled, byť Newtonovi bylo již 47 let. Budoucí rytíř časem namaloval ještě další tři Newtonovy portréty. Newton byl do parlamentu zvolen ještě jednou, a to v letech 1701 – 1705 [1].